已退役NBA球星迈克尔・乔丹回归芝加哥公牛队 - 1995年3月18日
乔丹不杰出的棒球表现和对篮球的热爱，促成了这位伟大球员的复出。1994年9月9日，在皮蓬主办的一次慈善篮球赛中，乔丹获得52分，证明他的风头不减当年。1995年3月18日，他正式宣布回归公牛队，不同的是他穿着的不是以往的23号球衣，而是在棒球队所穿着的45号球衣。在第二天对印第安那步行者队的比赛中，他获得19分。
虽然已一年半没有参加NBA比赛，乔丹发挥得仍很优秀。1995年3月29日在对纽约尼克斯队的一场比赛中，他一人独得55分。4月他更是带领公牛队取得9胜1负的好成绩，并成功打入季后赛。在与奥兰多魔术队的比赛中，他平均每场得分31.5分。然而，公牛队最终没有能够战胜魔术队。
1994-95赛季，乔丹改回穿着以往的23号球衣，并且迎来了他的二度黄金时期。
乔丹穿回23号有个很有趣的小插曲。在94-95赛季东区半决赛第四场97-102负于奥兰多魔术之后，魔术队后卫尼克斯・安德森 (Nick Anderson) 在退场时对乔丹报以轻蔑的一句话：“45号比23号好对付多了”，让乔丹产生了一个大胆的想法。于是，第五场在联合中心的比赛让所有人目瞪口呆。当出场介绍的时候，乔丹竟然穿上了23号出场，使得联合中心的气氛达到了顶点。他在比赛中得到38分，率队击败了魔术队。不过，最终在第六场里面还是输掉了整个系列赛。
1995-96赛季，由于加入了一位优秀的篮板好手丹尼斯・罗德曼(Dennis Rodman)，公牛队的实力得以空前增强，加上上一赛季乔丹深深被失败所刺激，公牛队打得更加疯狂：开局10胜2负后，在接下来的32场比赛中狂胜31场，包括球队历史最佳的18连胜，并且以72胜10负的成绩获得NBA历史上最好的赛季成绩，还有33胜8负的历史最佳客场战绩。乔丹获得常规赛及全明星赛双料最有价值球员。在季后赛中，公牛队仅输3场，并最终战胜西雅图超音速队获总冠军。乔丹第四次获得总决赛最有价值球员，超过魔术师约翰逊所保持的纪录。
在1996-97赛季，乔丹带领公牛队获69胜13负的成绩。但在这一年，他被卡尔•马龙 (Karl Malone) 取代最有价值球员的位置。在总决赛中，他们面对马龙率领的劲敌犹他爵士队。乔丹的篮球天赋与球场的灵魂作用再一次展现，在第一局比赛中，他以一个压哨球击败爵士队。在第五场最终决赛中（前4场双方战成2-2平），尽管因为食物中毒有发烧及脱水之病状，乔丹仍独得38分，并最终帮助公牛队以90-88取得关键的第五战胜利。最终公牛队以4-2赢得第5次NBA总冠军，而他则再一次当之无愧地获得总决赛最有价值球员的称号。
1997-98赛季，公牛队获62胜20负。乔丹平均每场得分28.7分，第5次获得常规赛最有价值球员，入选全明星阵容、第一防守阵容并获全明星赛最有价值球员。公牛队连续第三次进入季后赛决赛并在总决赛中再次与对手犹他爵士队相遇。
在前5场比赛中战成3-2后，公牛队与爵士队进行第6场比赛。比赛中，乔丹的一个动作造就了NBA历史上最伟大、最经典又饱受争议的投篮：在比赛的最后一分钟，当公牛队以83-86落后时，主教练杰克逊叫了暂停。乔丹接到传球后投篮命中，将比分追至85-86。爵士队发球后传至前场底线的马龙，马龙与防守他的罗德曼对抗后占上风，但突然被乔丹断球。随后乔丹运球至前场，面对着防守他的爵士队的队员布莱恩・拉塞尔 (Bryon Russell)，他先是向右路突破，然后在罚球弧附近突然变向。布莱恩・拉塞尔因为刹不住车而滑倒。这样，在无人防守的情况下，乔丹在比赛还有5.2秒时将比分反超。爵士队的最后一击虽然成功传到了斯托克顿手中，却因哈帕的干扰而没能命中。最终，公牛队以一分的微弱优势再次战胜爵士队，第6次夺得总冠军。乔丹在总决赛中平均每场得分30分以上，第6场得分45分，第6次获得总决赛最有价值球员。乔丹的6次总决赛最有价值球员的成绩，是排在他之后的魔术师约翰逊、沙奎尔・奥尼尔 (Shaquille O'Neal) 和蒂姆・邓肯 (Tim Duncan) 成绩（均为3次）的整整2倍。
乔丹在第6场比赛中的英雄式的行为似乎是他职业生涯的完美结局。随着杰克逊与公牛队的合约期满及皮蓬的离队，乔丹于1999年1月13日再次宣布退役。